O CEMV funciona en Pleno, Comisión Permanente e comisións de traballo, constituíndo os órganos colexiados de participación.
- O Pleno é o órgano supremo de decisión e formación da vontade do CEMV. Está integrado por todos os/as conselleiros/as, baixo a dirección do/a presidente/a e asistido polo secretario/a.
- A Comisión Permanente é a unidade básica de xestión do CEMV, a quen corresponde a recepción e tramitación dos asuntos, preparando e facilitando as xuntanzas do Pleno, e exercendo de instancia intermedia entre este e as outras comisións. Son membros desta Comisión: os tres órganos unipersoais, os/as presidentes/as de cada unha das comisións de traballo existentes, e un/unha vogal de cada un dos tres sectores do CEMV.
- As comisións de traballo son órganos especializados para o estudo e análise dos asuntos específicos que lles correspondan. Cada unha de elas está integrada por tres membros, representando cada un ao sector docente, usuarios/as do Sistema Educativo, e sector social. Na actualidade están constituídas dúas comisións de traballo:
- Comisión Pedagóxica e de Innovación Educativa.
- Comisión de Equipamentos e de Planificación Educativa.